С оглед предизвикателствата в условията на конкурентната пазарна среда, ръководството на „София Мел”EАД поставя качеството на произвежданите продукти като свой основен приоритет.  
„София Мел” EАД разполага с отлично оборудвана лаборатория и високо квалифициран екип от специалисти, с чийто прецизен труд се окачествяват постъпващото зърно, произведените млевни продукти, готовите основни и специални  типове пшенични брашна.

Освен физико-химичните и органолептичните  анализи  на влага, пепел, протеин, глутен, отпускане на глутена, ситов анализ, в лабораторията се определят и реологичните свойства на брашната с помощта на фаринограф, есктензограф, алвеограф. Амилазната активност на брашната се изследва с амилограф.

„София Мел” EАД може напълно да гарантира на клиентите си, че произвежданите продукти са с високо и постоянно качество. Те са  безопасни и по отношение  съдържанието на микотоксини, представляващи вторични метаболити на микроскопичните гъбички (плесен), които са опасен природен замърсител на храните. Отчитането на тяхното наличие посредством лабораторните анализи в предприятието е изцяло съобразено с националните и европейски изисквания.

Чрез закупуването на специална апаратура NEOGEN READER - 321 PLUS в лабораторията на „София Мел” EАД вече се извършва количествен анализ за определяне съдържанието на афлатоксин-тотал, охратоксин, зеараленон, дезоксиниваленол. Това са микотоксините, които могат да присъстват в пшеницата и  производните й продукти.